Неискоришћене фитофармацеутске препарате неопходно је правилно и безбиједно складиштити у циљу очувања њиховог квалитета и могућности употребе истих у наредној сезони.
Сигурно чување не представља само добру праксу из безбједносних разлога, већ може помоћи у смањењу вандализма, крађе или евентуалне злоупотребе производа. Ово је посебно важно за оне препарате који су веома токсични. Међутим, чак и производи који се не сматрају акутно отровним, могли би потенцијално да изазову опасност ако се користе у близини извора воде, прехрамбене робе или изнад насељених мjеста.
Складишни простор који је намијењен за чување фитофармацеутских препарата треба бити направљен на начин да обезбиједи заштиту здравља људи и животиња, животне средине, као и очување квалитета и ефикасности препарата.
Објекти за складиштење морају бити изграђени од тврдих, хемијски и физички отпорних и инертних материјала. Неопходно је да буду суви и добро провјетрени. Врата и прозоре би требало затварати и закључавати, осим ако нису потребни прозори за вентилацију. Прозори не смију бити већих величина, како би смањили ризик од уласка штеточина, животиња или чак људи. Просторија мора штитити препарате од екстремно високих и ниских температура, те осигурати заштиту од утицаја директне сунчеве свјетлости.
Трајност препарата, обично је ограничена на двије године, те о датуму производње и року трајања увијек треба водити рачуна при њиховој куповини. Kупују се само средства за заштиту биља која су регистрована и одобрена за промет и употребу.
Дио препарата који је неупотребљен, увијек се чува у оригиналној амбалажи. Етикета на амбалажи препарата и безбједоносни лист (МСДС) садрже специфичне информације о начину чувања одређеног препарата, те их никако не треба скидати нити прекривати другим етикетама.
Већину препарата треба чувати на температурама између 5 – 15 °C. Уколико дође до смрзавања препарата, прије употребе, неопходно је прегледати амбалажу да ли је оштећена, а затим оставити препарат на собној температури како би се одмрзнуо. Забрањено је смрзнути препарат излагати директном извору топлоте или пламену. Након одмрзавања препарата, неопходно је посуду протрести како би се садржај поновно суспендовао. Уколико и након одмрзавања, остану кристали, средство не би требало користити, јер је његова учинковитост смањена, те га је неопходно правилно одложити у отпад.
Треба обратити пажњу и на унутрашњу организацију складишта. Односно груписати препарате према намјени (фунгицид, инсектициди, хербицид итд.) и формулацији ( течност, прашак, грануле итд.).
Испарљиве препарате држати одвојено од осталих хемикалија. Течне формулације држати испод сувих због могућности проливања. Средства у праху или гранулама могу абсорбовати влагу ако се неадекватно чувају, те посебну пажњу треба посветити амбалажи. Ако је папирно паковање оштећено, неопходно је комплетну кесицу ставити у најлон кесицу пригодне величине и обавезно обиљежити. Све се ово ради у рукавицама а пожељно је носити и маску. То је неопходно посебно када се прегледају прашкасти препарати.
Приликом коришћења у новој сезони, препоручује се примијенити најстарије хемикалије, посебно оне које имају кратак рок трајања. Водити евиденцију о куповини истих и датуму отварања на паковању.