Са растом свијести и законских захтјева за одржавање и унапређење стања животне средине питање адекватног третмана отпада из винарија постаје све важније и регулаторно и финасијско питање. Производња вина, као и друге производње у прехрамбеној индустрији, везана је стварањем одређених количина чврстог и течног отпада, односно отпадних вода. 20% количине грожђа која стигне у винарију заврши као чврсти отпад.
Сав чврсти отпад у производњи вина не мора увијек бити отпад у правом смислу те ријечи и он се може подиjелити на отпад настао прерадом грожђа и производњом вина и друге врсте отпада из винарије. У први спада петељковина, сјеменке, комина и друго, тзв. биолошки отпад. Остале врсте отпада из винарије треба одлагати на прописан начин, а његово одвожење из винарија се уговара са комуналним предузећима. Сјеменке се могу користити за производњу уља, покожица црног грожђа се користи за издвајање вриједних супстанци као што су резерватрол и флавоноиди као антиоксиданси, покожица и талози се могу користити за издвајање винске киселине, комина се може користити за производњу ракије, петељковина и оцјеђена комина се користе за компостирање и коришћење органског ђубрива итд.
У винаријама треба раздвојити процесне отпадне воде од санитарне отпадне воде. Процесна отпадна вода је вода која је коришћена за прање и чишћење винаријских површина и опреме јер садржи знатне количине хемијских средстава. Пошто су винарије знатно удаљене од комуналне канализационе мреже санитарне отпадне воде се најчешће одводе у адекватно пројектоване септичке јаме. У већини винарија се ствара знатно више процесне него санитарне отпадне воде. Винарије које производе обична вина, прерадом грожђа у винарији, стварају знатно веће количине тешких отпадних вода са великим количинама материјала у суспензији.
Отпадне воде из винарије треба да прођу три фазе обраде: механичку, биолошку и хемијску. Механичка се врши системима сита (филтера) или таложењима, која има за циљ смањење количине чврстих дијелова у отпадним водама. Биолошки третмани отпадне воде треба да доведу до микробиолошке разградње органских материја до њихових прихватљивих нивоа. Хемијским третманима је потребно обезбједити одговарајућу pH вриједност (pH 6-7) и неке друге корекције хемијског састава отпадне воде. Обрађене отпадне воде могу се користити као вода за наводњавање винограда за шта се користе депои за одлагање отпадних вода. Многе винарије у депое воде за наводњавање усмјеравају и површинске воде прикупљене са крова винарије и бетонских или асфалтних површина око винарије.
Можда је највећи проблем са процесним отпадним водама из винарије које садрже високо учешће честица у суспензији које се споро таложе и могу довести до стварања знатних количина талога или зачепљења на опреми за обраду воде и у евентуалним резервоарима за њихово одлагање. Ово су разлози за релативно честа рјешења депоновања отпадних вода у лагуне (вјештачке баре) у којима се таложење и друге трансформације отпадних вода до потребног степена пречишћености одвијају у условима приближно природним.
