Sa rastom svijesti i zakonskih zahtjeva za održavanje i unapređenje stanja životne sredine pitanje adekvatnog tretmana otpada iz vinarija postaje sve važnije i regulatorno i finasijsko pitanje. Proizvodnja vina, kao i druge proizvodnje u prehrambenoj industriji, vezana je stvaranjem određenih količina čvrstog i tečnog otpada, odnosno otpadnih voda. 20% količine grožđa koja stigne u vinariju završi kao čvrsti otpad.
Sav čvrsti otpad u proizvodnji vina ne mora uvijek biti otpad u pravom smislu te riječi i on se može podijeliti na otpad nastao preradom grožđa i proizvodnjom vina i druge vrste otpada iz vinarije. U prvi spada peteljkovina, sjemenke, komina i drugo, tzv. biološki otpad. Ostale vrste otpada iz vinarije treba odlagati na propisan način, a njegovo odvoženje iz vinarija se ugovara sa komunalnim preduzećima. Sjemenke se mogu koristiti za proizvodnju ulja, pokožica crnog grožđa se koristi za izdvajanje vrijednih supstanci kao što su rezervatrol i flavonoidi kao antioksidansi, pokožica i talozi se mogu koristiti za izdvajanje vinske kiseline, komina se može koristiti za proizvodnju rakije, peteljkovina i ocjeđena komina se koriste za kompostiranje i korišćenje organskog đubriva itd.
U vinarijama treba razdvojiti procesne otpadne vode od sanitarne otpadne vode. Procesna otpadna voda je voda koja je korišćena za pranje i čišćenje vinarijskih površina i opreme jer sadrži znatne količine hemijskih sredstava. Pošto su vinarije znatno udaljene od komunalne kanalizacione mreže sanitarne otpadne vode se najčešće odvode u adekvatno projektovane septičke jame. U većini vinarija se stvara znatno više procesne nego sanitarne otpadne vode. Vinarije koje proizvode obična vina, preradom grožđa u vinariji, stvaraju znatno veće količine teških otpadnih voda sa velikim količinama materijala u suspenziji.
Otpadne vode iz vinarije treba da prođu tri faze obrade: mehaničku, biološku i hemijsku. Mehanička se vrši sistemima sita (filtera) ili taloženjima, koja ima za cilj smanjenje količine čvrstih dijelova u otpadnim vodama. Biološki tretmani otpadne vode treba da dovedu do mikrobiološke razgradnje organskih materija do njihovih prihvatljivih nivoa. Hemijskim tretmanima je potrebno obezbjediti odgovarajuću pH vrijednost (pH 6-7) i neke druge korekcije hemijskog sastava otpadne vode. Obrađene otpadne vode mogu se koristiti kao voda za navodnjavanje vinograda za šta se koriste depoi za odlaganje otpadnih voda. Mnoge vinarije u depoe vode za navodnjavanje usmjeravaju i površinske vode prikupljene sa krova vinarije i betonskih ili asfaltnih površina oko vinarije.
Možda je najveći problem sa procesnim otpadnim vodama iz vinarije koje sadrže visoko učešće čestica u suspenziji koje se sporo talože i mogu dovesti do stvaranja znatnih količina taloga ili začepljenja na opremi za obradu vode i u eventualnim rezervoarima za njihovo odlaganje. Ovo su razlozi za relativno česta rješenja deponovanja otpadnih voda u lagune (vještačke bare) u kojima se taloženje i druge transformacije otpadnih voda do potrebnog stepena prečišćenosti odvijaju u uslovima približno prirodnim.
