Код црног лука током цијеле године у исхрани се користи луковица, млада биљка или листови. Берба црног лука се обавља када око 50% биљака полегне, јер дуго задржавање луковице у земљишту може довести до ретровегетације, усљед чега долази до губитка суве материје, те се луковица не може дуже чувати. Берба црног лука може бити машинска и ручна. Уколико је машинска берба, луковице се најчешће ваде, остављају у тракама на њиви да се просуше око 5-10 дана, а затим се пребацују у складиште. Ова операција се обавезно обавља по сувом времену. Током чишћења лука одсјецају се суви листови, уз обавезно остављање врата луковице дужине око 2cm.
Високе температуре током бербе утичу да „врат“ луковице буде затворен и сужен, а остали овојни-љуспасти листови луковице суви, што је од пресудног утицаја на дужину и успјешност чувања. Дужина фазе мировања зависи од сорте, што значи да и успјех чувања зависи од сорте. Најбоље се чувају сорте лука са већим бројем затворених сочних листова, већим бројем сувих листова, са више од 14% суве материје. Сорте краћег периода мировања имају садржај суве материје испод 10%. Током чувања црног лука, већина фактора утиче на појаву болести и поремећаја, што се често може ублажити ниском релативном влагом. За разлику од већине повртних врста, црни лук за дуже чување захтјева нижу релативну влажност ваздуха, око 65-70%. У условима оптималне температуре и влажности црни лук може успјешно да се чува у времену од мјесец па до осам мјесеци, у зависности од сорте.
Лук је веома захтјевна повртна култура за чување, којој треба константна пажња. Успјех у чувању црног лука зависи од здравственог стања луковица, температуре и влажности ваздуха у складишту. Основно је да се лук постепено суши на температурама, које нису сувише високе. Након што се смјести у складиште, потребно је да се загрије на температуру од 20°C. Загријавање се мора обавити брзим и континуираним подизањем температуре да не би дошло до појаве кондензације, и да би се спријечила појава трулежи врата коријена лука. Температура ваздуха који се убацује у складиште не смије бити већа од 30°С. Развој трулежи врата коријена (Botrytis sp.) код лука се обично одвија на почетку процеса сушења, када гљива у повољним условима температуре (22-25°С ), и у присуству влаге брзо почиње да се шири из лисне масе у луковице. Луковице морају бити једнолично осушене, што значи да вентилатори морају стално радити. Након што су се спољашне љуске и врат осушили, наставља се сушење ваздухом исте температуре и влаге следећих 10-15 дана, али свега 2-3 сата дневно. Вентилирање и хлађење гомиле лука спољашњим ваздухом с температуром минимално 3°С испод температуре лука наставља се сљедеће 2-3 седмице. Након тога температура гомиле лука треба да буде 10°С, за четири седмице 5°С, а у наредне три-четири седмице 3°С. Оптимални услови за чување црног лука у складишту су 0°С, док релативна влажност ваздуха за краткотрајно чување треба да буде 65-80%, а за дуже чување 65-70%.
Најчешће болести које се јављају на црном луку, током периода чувања су трулеж врата црног лука (Botrytis cinerea), као и пропадање луковица које изазива Aspergillus sp., Penicillium sp., Rhizopus sp. Најбоља заштита црног лука од проузроковача болести је превентива. Уколико се правилно спроведе технологија производње црног лука, напад патогена ће бити много мањи. Сортирање луковица прикладне и приближне зрелости, високог квалитета, уз отклањање обољелих јединки, са адекватним хигијенским условима и обезбјеђењем оптималних температурних услова и релативне влажности заједно ће утицати на смањење болести, и појаву прорастања као једног од највећег проблема који се јавља током чувања црног лука, јер проузрокује највеће губитке.
Најбољи начин чувања црног лука у домаћинствима је у вјенцима. Лук се прво просушује на вјетровитим мјестима, а затим чува. Мање количине се чувају у расутом стању, или у мрежастим врећама без контроле услова чувања.
